Trama: l nonno di Yugi Sugoroku Muto ritrova i pezzi di un antico rompicapo egiziano, il Millennium Puzzle (Puzzle del Millennio). Yugi riesce a completarlo e viene posseduto dallo spirito di un faraone antico di 5000 anni, che ha dimenticato ogni cosa della sua epoca, perfino il suo nome, e per questo è comunemente chiamato Yami. Con il proseguire della storia i due, insieme con gli amici di Yugi: Anzu Mazaki, Katsuya Jonouchi, Hiroto Honda, ecc., cercano di scoprire il segreto delle memorie perdute del Faraone mediante il gioco di carte Duel Monster (Magic & Wizards nel manga originale) che viene rispecchiato nel gioco delle ombre (una versione di Duel Monster giocata nell'antico Egitto di questa ambientazione).
